Bagian yang paling beracun dari fugu adalah hati, telur, dan saluran pencernaannya. Tetapi bila pada saat pengolahan terkontaminasi oleh bagian organ dalam yang pecah, daging menjadi sangat beracun dan mematikan.
Racun yang terkadung pada bagian dalam ikan buntal ini disebut Tetrodotoksin (TTX). Dosis mematikan racun ikan buntal bagi manusia diperkirakan 2 mg TTX. Racun ini sangat mematikan dan akan bereaksi pada korbannya hanya dalam waktu kurang dari setengah jam. Oleh karena itu pada umumnya di restoran tertentu makanan ini akan dihidangkan oleh sang koki setengah jam setelah masak dan dicoba oleh Chef koki tersebut sebelum dihidangkan untuk menjamin keamanannya.
Racun ini belum mempunyai antidote! Memasak tidak merusak racun tersebut.* Sebaiknya hindari pandangan masyarakan yang salah mengenai memasak dapat membunuh racun tersebut.
Gejala keracunan TTX ini, akan diawali oleh rasa mual, muntah2, mati rasa dalam rongga mulut, selanjutnya mucul gangguan fungsi saraf yang ditandai dengan rasa gatal di bibir, kaki dan tangan. Gejala selanjutnya adalah terjadinya kelumpuhan dan kematian akibat sulit bernafas dan serangan jantung. Gejala tersebut timbul selama 10 menit pertama hingga 30 menit dan setelah itu akan menimbulkan kematian.
Oleh karena itu apabila anda mengalami gangguan diatas setelah mengkonsumsi ikan fugu ini ada baiknya anda segera ke rumah sakit untuk “dipompa” perut anda untuk mencegah racun masuk lebih dalam ke dalam tubuh melalui pencernaan, ini harus dilakukan sebelum 30 menit setelah makanan masuk ke dalam tubuh. Setelah itu pun , tetap waspada karena terkadang racun dapat bereaksi dalam 6 jam pertama setelah daging itu dipompa keluar.
Lantas mengapa ikan buntal ini sendiri mampu bertahan hidup meskipun memiliki kandungan racun yang mematikan di dalam tubuhnya ?
Para peneliti dari Institute of Molecular and Cell Biology (IMCB) dan National University of Singapore (NUS) bahkan menunjukkan bahwa ikan buntal menggunakan racun tersebut. Racun tetrodotoxin yang 20 kali lipat lebih mematikan daripada sianida ini digunakannya untuk membantu proses perkembangbiakan dan menghindari pemangsa.
Melalui proses yang disebut adaptasi evolusi, ia menjadi kebal terhadap racun tetrodotoxin yang berasal dari sesuatu yang dimakannya, khususnya dari makhluk hidup laut yang terkontaminasi racun.
Mengingat resiko yang tinggi jika ikan ini salah dalam pengolahannya, maka di Jepang hanya koki-koki yang memiliki sertifikat dari Departemen Kesehatan lah yang diizinkan untuk mengolah ikan buntal ini untuk dikonsumsi umum. Sehingga di Jepang, menu masakan yang mengandung ikan buntal harganya cukup mahal. Di sebuah restoran di Osaka menjual menu ikan buntalnya dengan harga 10.500 yen atau sekitar Rp 840.000.
Selain di negara Jepang ada baiknya berhati-hati untuk memakannya, khususnya di Indonesia, sebab belum ada sertifikasi koki yang menjamin ikan buntal tersebut dimasak oleh ahlinya. Di Singapore sendiri terjadi kasus keracunan ikan fugu oleh salah satu restoran Jepang yang hampir memakan korban jiwa sang Chef yang sedang mencoba makanan tesebut. Bahkan di Thailand tahun 2004-2007, 115 korban dirumahsakitkan karena mengkonsumsi daging ini dan 15 orang meninggal, sekalipun sebenernya ikan ini sudah di banned masuk ke Thailand sejak 2002.